創圣紀0011年地球上的人類由于大異變失去三分之二人口。南極冰層溶化使被認為1萬2千年前已被滅亡的有翼種族墮天翅族亞特蘭蒂亞蘇醒。他們派出生物機械兵器神話獸去捕獲人類的生體能源普拉納。 人類決心反擊，從海底遺跡發掘岀三臺組合戰斗機Vector Machine。這是在1萬2千年前將墮天翅族滅亡的傳說中的兵器。若3架戰斗機合體，將變成機械天使Aquarion。 要啟動Aquarion，需能與機體的機械生命感應和共鳴，稱為Element的人。要求特別敏銳的五感和純真的靈魂，因此十五歲左右的少年少女被選為機師集中起來。而后機械天使Aquar..