本作是EVA新世紀福音戰士劇場版的第四部作品，也是最終完結。故事接續Q的結尾，以沖擊過后真嗣被劍介帶回到一個類似避難所一般的小鎮子進行心靈療養為開始，而黑麗與明日香也同樣在這里。作為本作為數不多較為日常的劇情，主要講了說明了三人目前的心境和經歷，包括黑麗輕松愉快的鄉村生活和明日香對真嗣的“重做人”改造。而這段平靜的生活很快也隨著黑麗的橙汁化退場結束，真嗣也隨之打起精神，眾人跟隨美里一同踏上奇跡號前往破壞13號機，在途中，明日香也向真嗣進行了有些令真香黨心酸的告白...