《櫻花大戰》講述了公元20世紀初，東京的地下黑暗勢力“黑之巢會”開始復蘇，巢會妖僧天海率領著四大黑暗天王，操縱著利用古代咒語生成的魔物——魔操機兵，在東京開始了大肆的破壞，揚言統治全世界。 為了對抗這些黑勢力，打擊黑之巢會的猖獗活動，以東京為中心進行對降魔迎擊作戰的帝國華擊團·花組，秘密駕駛著光武開始了討伐黑暗之戰。 由于隊員間缺乏溝通。戰斗雖然勉強能打贏，但總是不夠理想。于是在太正12年的4月1日，新從海軍士官學校畢業的大神一郎少尉被分配到帝國華擊團花組，擔任隊長職務。在接頭地點的上野公園，一顆浪漫的櫻花樹下，我們的主人公遇到了影..